Umístěním krycího skla vzniká nad touto plochou definovaná kapilární mezera. Krycí sklo, které je dodáváno spolu s komůrkou, je též z optického skla. Plochy, na které se posazuje krycí sklo, musí být dobře očištěny. Případné nečistoty mezi nosičem a krycím sklem ovlivňují velikost kapilární mezery. Krycí sklo se uchytává pod pérka, snížení přítlaku pérek se provede rýhovanými maticemi nad pérkami, čímž se usnadní vložení krycího skla. Opětovným dotažením těchto matic dojde k uchycení krycího skla na nosič.
Čištění komůrky: ihned po provedení počítání je třeba sejmout krycí sklo (nejprve snížit přítlak dotláčecích pérek rýhovanými maticemi) a komůrku a krycí sklo omýt vodou nebo čstícím roztokem. Vzápětí je třeba komůrku a krycí sklo osušit měkkým hadříkem nebo otřít acetonem.